CUTANA? ChIC / CUT&RUN Kit 快速入門
Kit v4 - Manual v4.0
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第一天
第一部分：CUT&RUN緩沖液的制備（約30分鐘）
1.?按下表所述配制緩沖液。
注意：應(yīng)根據(jù)完整手冊(cè)附錄1.1中的說明，根據(jù)細(xì)胞類型優(yōu)化Digitonin（洋地黃皂苷） 的用量。
緩沖液名稱 | 組分 | 1 RXN | 8 RXN | 16 RXN | 保存 |
Wash Buffer | Pre-Wash Buffer | 1.8 mL | 14.4 mL | 28.8 mL | 室溫，供第一天使用 |
25× Protease Inhibitor | 72 μL | 576 μL | 1.15 mL |
1M Spermidine | 0.9 μL | 7.2 μL | 14.4 μL |
Cell Permeabilization Buffer | Wash Buffer | 1.4 mL | 11.2 mL | 22.4 mL | 4℃，供第2天使用 |
5% Digitonin | 2.8 μL | 22.4 μL | 44.8 μL |
Antibody Buffer | Cell Perm. Buffer | 100 μL | 800 μL | 1.6 mL | 冰上，供第1天使用 |
0.5M EDTA | 0.4 μL | 3.2 μL | 6.4 μL |
注意：以下流程皆按單個(gè)樣本計(jì)算，請(qǐng)根據(jù)實(shí)際樣本數(shù)量等比例配制
。
第二部分：ConA磁珠活化（約30分鐘）
2. 輕輕重懸ConA磁珠，取11 μL至1.5 mL離心管中。
3. 將離心管放在磁力架上，使溶液澄清；用移液器去除上清液。
4. 從磁力架上取下離心管。立即加入100 μL冷的Bead Activation Buffer，并用移液器將磁珠充分重懸。將離心管放回磁力架，使溶液澄清，用移液器去除上清液；此步驟重復(fù)一次。
5. 加入11 μL冷的Bead Activation Buffer重懸磁珠。
6. 按照10 μL/管的量，將磁珠等分到8聯(lián)排管中；置于冰上。
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第三部分：細(xì)胞與活化磁珠結(jié)合（約30分鐘）
7. 計(jì)數(shù)起始細(xì)胞并確認(rèn)其完整性和活力。每樣本使用500,000個(gè)細(xì)胞（可多加10%）。
8. 室溫下以600×g的轉(zhuǎn)速離心3分鐘，用移液器去除上清液。
9. 用100 μL的Wash Buffer重懸細(xì)胞。室溫下以600×g的轉(zhuǎn)速離心3分鐘，用移液器去除上清液；此步驟重復(fù)一次。
10. 用105 μL的Wash Buffer重懸細(xì)胞。對(duì)制備好的細(xì)胞進(jìn)行計(jì)數(shù)并檢查其完整性。
11. 將 100 μL 細(xì)胞轉(zhuǎn)移到含有10 μL 活化 ConA 磁珠的8聯(lián)排管中。輕輕渦旋重懸，短暫快速離心，將磁珠收集到管底部。
12. 室溫孵育10分鐘，使細(xì)胞吸附到磁珠上。
13. 如果使用多通道移液器，請(qǐng)將試劑槽置于冰上，注入冷的Antibody Buffer。注意：一次取出并更換一條8聯(lián)排管的緩沖液，以避免 ConA 磁珠變干和樣品丟失。
14. 將離心管放在磁力架上，使溶液澄清，用移液器去除上清液。保存10 μL上清液用于臺(tái)盼藍(lán)染色，以確定上清液中沒有細(xì)胞（可依據(jù)完整手冊(cè)附錄1.2）。
15. 從磁力架上取下離心管。立即加入50μL冷的Antibody Buffer并用移液器吹吸重懸。取 10 μL重懸樣品以確認(rèn)細(xì)胞結(jié)合到了ConA磁珠上（可依據(jù)完整手冊(cè)附錄1.2）。
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第四部分：抗體結(jié)合（約30min +過夜）
16.?瞬時(shí)離心K-MetStat Panel原液并用移液器吹吸混勻（切勿渦旋）。在指定用于H3K4me3和IgG對(duì)照抗體的反應(yīng)中，加入2 μL K-MetStat Panel并渦旋混勻。注意：如果使用的細(xì)胞數(shù)少于500000個(gè)，請(qǐng)按照完整手冊(cè)第16頁的說明減少K-MetStat Panel的量。
17. 每個(gè)樣品加入0.5 μg抗體。對(duì)于指定的對(duì)照反應(yīng)，加入1μL?IgG或H3K4me3對(duì)照抗體。輕輕渦旋混勻。
18. 在4oC條件下，置于旋轉(zhuǎn)混勻儀（nutator）上孵育過夜，管蓋稍稍抬高。切勿翻轉(zhuǎn)離心管。
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第二天
第五部分：pAG-MNase結(jié)合（約40 min）
19. 將試劑槽放在冰上，注入冷的Cell Perm. Buffer。
20. 將離心管從4℃條件下取出，瞬時(shí)離心收集液體。注意：磁珠過夜可能沉淀，屬正?，F(xiàn)象。
21. 將離心管置于磁力架上，使溶液澄清，去除上清液。
22. 將離心管保留在磁力架上。每管加入200μL冷的Cell Perm. Buffer，用移液器去除上清液；此步驟重復(fù)一次。
23. 從磁力架上取下離心管。每管加入50μL冷的Cell Perm. Buffer，輕輕渦旋混勻。注意：磁珠在這個(gè)階段可能會(huì)結(jié)塊，可用移液器輕柔吹吸，使結(jié)塊分散。
24. 每管加入2.5μL pAG-MNase。輕輕旋渦或用移液器吹吸，以重懸磁珠并使酶均勻分布。
25. 室溫孵育10分鐘。
26. 瞬時(shí)離心后，置于磁力架上，使溶液澄清，去除上清液。
27. 將離心管保留在磁力架上。每管加入200μL冷的Cell Perm. Buffer，用移液器去除上清液；此步驟重復(fù)一次。
28. 從磁力架上取下離心管。每管加入50μL冷的Cell Perm. Buffer。用移液器輕輕吹吸混勻、分散團(tuán)塊。
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第六部分：目標(biāo)染色質(zhì)片段化（約3小時(shí)）
29. 將離心管置于冰上。每管加入1 μL 100 mM的氯化鈣，輕輕渦旋或用移液器吹吸均勻。
30. 將離心管（管蓋略微抬高）放在旋轉(zhuǎn)混勻儀上4oC孵育 2 小時(shí)。
31. 制備終止液：取1μL?E. coli?Spike-in DNA與33μL Stop Buffer混合（單個(gè)反應(yīng)用量）。輕輕旋渦混勻。注意：如果使用的細(xì)胞數(shù)少于500,000個(gè)，請(qǐng)按照完整手冊(cè)附錄2中的說明稀釋E. coli?Spike-in DNA。
32. 孵育結(jié)束后，向每個(gè)反應(yīng)中加入34 μL終止液，輕輕旋渦混勻。
33. 將反應(yīng)離心管置于37℃熱循環(huán)儀中，孵育10分鐘。
34. 瞬時(shí)離心后，置于磁力架上，使溶液澄清。將含有DNA富集產(chǎn)物的上清液轉(zhuǎn)移到新的8聯(lián)排管中。丟棄含有ConA磁珠的離心管。
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第七部分：DNA純化（約30分鐘）
35. 用無水乙醇（EtOH）和分子生物學(xué)級(jí)別的水制備85%乙醇（EtOH）（現(xiàn)用現(xiàn)配）。
36. 重懸SPRIselect試劑（Beckman Coulter, Inc），向每個(gè)反應(yīng)管中緩慢加入119 μL。
37. 輕輕旋渦混勻，瞬時(shí)離心以收集液體。室溫孵育5分鐘。
38. 將離心管放在磁力架上2-5分鐘。用移液器去除上清液，不要用移液管吸頭攪動(dòng)磁珠。
39. 將離心管保留在磁力架上。每管加入 180 μL?85% EtOH，用移液器去除上清液；此步驟重復(fù)一次。
40. 瞬時(shí)離心，管蓋朝內(nèi)，使磁珠留在離心管一側(cè)。將離心管放回磁力架上，去除殘留的EtOH。
41. 從磁力架上取下離心管，打開管蓋。室溫風(fēng)干磁珠2-3分鐘或直到液體蒸發(fā)，但磁珠仍然呈現(xiàn)潮濕的啞光棕色。如果磁珠有裂紋或呈淺棕色，說明過于干燥。
42. 每管加入17 μL?0.1X TE buffer洗脫DNA。
43. 渦旋重懸磁珠，室溫孵育2分鐘。
44. 將離心管置于磁力架上2分鐘。將15μL CUT&RUN DNA轉(zhuǎn)移到新的8聯(lián)排管中。
45. 使用Qubit熒光儀對(duì)1 μL DNA進(jìn)行濃度測(cè)定。繼續(xù)文庫制備或?qū)NA保存在-20oC。
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關(guān)于預(yù)期結(jié)果，可參閱完整手冊(cè)。切勿使用TapeStation/Bioanalyzer檢測(cè) CUT&RUN DNA。DNA的產(chǎn)量太低，無法在這些平臺(tái)上進(jìn)行檢測(cè)，而且在實(shí)驗(yàn)步驟的這一步也無法提供有用的信息?？傻鹊?strong>文庫制備后再檢查片段分布。
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EpiCypher是一家成立于2012年的表觀遺傳學(xué)公司。從專有組蛋白肽陣列平臺(tái)EpiGold?開始，EpiCypher開發(fā)了一系列同類產(chǎn)品。同時(shí)，EpiCypher是重組核小體制造和開發(fā)的全球領(lǐng)導(dǎo)者。利用其獨(dú)有技術(shù)，不斷增加產(chǎn)品庫中高純度修飾重組核小體（dNucs?）產(chǎn)品。dNuc?多樣性的產(chǎn)品為破譯組蛋白編碼和加速藥物開發(fā)提供了強(qiáng)大的工具。
EpiCypher還將dNuc?技術(shù)廣泛的應(yīng)用于多種分析測(cè)定產(chǎn)品中，包括：SNAP-ChIP?Spike-in Controls（用于抗體分析和ChIP定量）， EpiDyne?底物（用于染色質(zhì)重塑和抑制劑篩選及開發(fā)），dCyher?測(cè)定（用于探究表觀遺傳蛋白質(zhì)-組蛋白PTM結(jié)合相互作用）。最近，EpiCypher還推出了針對(duì)ChIC、CUT&RUN和CUT&Tag的高靈敏度表觀基因組圖譜CUTANA?分析。
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