蛋白質和核酸是構成生命體最為重要的兩類生物大分子，二者間的相互作用一直是分子生物學研究的中心問題之一。研究細胞內(nèi)蛋白質-DNA相互作用的常用方法是染色質免疫沉淀(Chromatin Immunoprecipitation, ChIP)?，同時ChIP還常被用于確定基因組上與組蛋白修飾相關的特定位點（即組蛋白修飾酶的靶標）。但是由于ChIP存在高細胞需求量、技術難度大、成本高、深度測序、數(shù)據(jù)質量差以及變量大等缺點，在實際應用的過程中局限頗多。
核酸酶靶向切割和釋放（Cleavage Under Targets and Release Using Nuclease, CUT&RUN）是表觀遺傳學的一種新型技術方法，在蛋白質-DNA的相互作用以及組蛋白翻譯后修飾（PTMs）的基因組定位研究中取得突破性進步。CUT&RUN對傳統(tǒng)的ChIP檢測方法進行了重大的修改，消除ChIP固有的一些缺點，簡化工作流程，跳過了ChIP-seq中包括染色質片段化和抗體pull down等非常具有挑戰(zhàn)性步驟，用更少的細胞量和測序讀數(shù)獲取更佳的數(shù)據(jù)。
對于新用戶，CUTANA??CUT&RUN提供了您開展實驗所需要的一切，包括簡單易上手的實驗套裝、實驗方案以及驗證過的抗體等等，實驗操作流程如下：
? CUT&RUN工作流程??
●?固定細胞
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| ●?添加抗體和pAG-MNase（Protein A-Protein G-微球菌核酸酶） |
| ●?激活MNase并切割DNA |
| ●?結合抗體的復合物擴散至溶液中 |
| ●?準備測序文庫 |
| ●?測序 |
? 為什么選擇CUTANA??CUT&RUN？
如下圖所示，CUTANA??CUT&RUN在使用更低測序讀數(shù)的同時，結果要更優(yōu)于ChIP-seq。
? CUTANA??CUT&RUN優(yōu)勢：
●?節(jié)省了10倍的測序成本，省時高效。（與ChIP-seq相比）
●?低細胞需求量。（低至5k)
●?可作用于多種多樣的靶標和樣本類型，
●?操作流程簡單易上手。
●?測序結果信噪比高。
●?實驗可重復性好。
CUT&RUN可以用于研究多種類型的靶標，包括轉錄因子、染色質相互作用蛋白和組蛋白翻譯后修飾，還為一些研究染色質重塑等十分具有挑戰(zhàn)性的目標提供了機會。
下圖為具有代表性的基因組瀏覽軌跡，展示了使用K562細胞的CUTANA CUT&RUN結果。通過將每個樣本中約300-800萬個測序reads用于表觀遺傳學的各靶標，可以觀察到具有期望分布面的清晰峰。
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EpiCypher的CUTANA? CUT&RUN?AND LIBRARY PREP KITS為用戶提供了染色質定位實驗的細胞-測序解決方案，該試劑盒包含了從細胞到測序流程中所有必要的對照以及驗證試劑，充分確保實驗能夠獲得高質量數(shù)據(jù)。
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? SNAP Spike-ins：表觀基因組學中的核小體定量對照??
SNAP Spike-ins將含有DNA條形碼且攜帶組蛋白（已翻譯后修飾）的半合成核小體作為表觀基因組學分析的定量峰值對照，提高了分析可靠性的同時，還實現(xiàn)了精確樣本的標準化。此外，SNAP Spike-ins不僅優(yōu)勢多，而且使用范圍廣，可適用但不局限于以下方面：
√??與CUT&RUN、CUT&Tag、和ChIP-seq測定兼容；
√??抗體特異性分析驗證，可原位操作；
√??監(jiān)測分析性能，可持續(xù)監(jiān)測檢測情況；
√??定量樣本比較，可直接定量讀數(shù)；
√??故障排除實驗。
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上圖為產(chǎn)品SNAP-CUTANA? K-METSTAT PANEL，該產(chǎn)品包含了15個攜帶疾病相關賴氨酸甲基化修飾的dNucs（即含DNA條形碼的半合成核小體）和一個未經(jīng)修飾的dNucs對照。
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