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ChIP-seq染色質圖譜檢測方法的局限性及改善方式

2023-03-29
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ChIP-seq是最廣泛使用的染色質圖譜檢測方法,但有很大的局限性,具體表現(xiàn)為:

ChIP-seq染色質圖譜檢測方法的局限性及改善方式

1.高細胞需求量;

2.低吞吐量;

3.技術困難;

4.高成本,深度測序;

5.數(shù)據(jù)質量差,變量大


CUT&RUN和CUT&Tag檢測法正在取代ChIP-seq

簡化的工作流程跳過了ChIP-seq實驗法中的挑戰(zhàn)性步驟,包括染色質片段化和抗體pull down,用更少的細胞和測序讀數(shù)得到更佳的數(shù)據(jù)。

ChIP-seq染色質圖譜檢測方法的局限性及改善方式

具體變現(xiàn)為:

1.低細胞需求量;

2.高吞吐量;

3.操作流程更簡易;

4.低成本,測序讀取次數(shù)更少;

5.數(shù)據(jù)質量可靠,重復性好



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